Pondok Pesantren merupakan pusat pendidikan Islam, dakwah dan pengabdian masyarakat yang tertua di Indonesia. Pondok pesantren diakui sebagai sistem dan lembaga pendidikan yang memiliki akar sejarah dengan ciri-cirinya yang khas. Keberadaannya sampai sekarang masih berdiri kokoh ditengah-tengah komunitas masyarakat. Hal ini terbukti dengan kenyataan bahwa pondok pesantren saat ini masih menampakkan keaslian, kebhinekaan dan kemandiriannya walaupun usianya setua proses islamisasi di negeri ini.
Kondisi obyektif menunjukkan bahwa dekade terakhir ini mulai dirasakan ada ‘pergeseran’ peran dan fungsi pesantren. Peran dan fungsi pesantren sebagai kawah candradimuka orang yang rasikh fi ad-diin (ahli dalam pengetahuan agama) terutama yang terkait dengan norma-norma praktis (fiqh) semakin memudar. Hal ini disebabkan antara lain desakan gelombang modernisasi, globalisasi dan informasi yang berimplikasi kuat pada pergeseran orientasi hidup masyarakat. Minat masyarakat untuk mempelajari ilmu-ilmu agama semakin mengendor. Kondisi bertambah krusial dengan banyaknya ulama yang mesti menghadap Allah sebelum sempat mentransfer keilmuan dan kesalehannya secara utuh kepada generasi penggantinya. Faktor inilah yang ditengarai menjadikan out put pesantren dari waktu ke waktu mengalami degradasi, baik dalam amaliah, ilmiah maupun khuluqiyah.
Penurunan kualitas peran dan fungsi pesantren ini memunculkan kerisauan di kalangan ulama akan punahnya khazanah ilmu-ilmu keislaman. Jika persoalan ini tidak ditangani secara serius tentu sangat membahayakan masa depan umat Islam. Dari sinilah pentingnya segera dibentuk lembaga yang secara khusus intens mempersiapkan kader-kader ulama yang memiliki integritas ilmiah, amaliah dan khuluqiyah yang mumpuni. Lembaga dimaksud kemudian dinamakan ‘Ma’had Aly’.
Ma’had Aly di Indonseia pertama kali berdiri di Pondok Pesantren Salafiyah Syafi’iyah Sukorejo Situbondo, pada tahun 1990 atas prakarsa KHR As’ad Syamsul Arifin, dan atas restu serta dukungan segenap ulama, baik dalam maupun luar negeri. Pada tahun-tahun berikutnya Ma’had Aly bermunculan di beberapa Pondok Pesantren di Indonesia. Namun hingga tahun 2014 Ma’had Aly yang telah berjalan belasan hingga puluhan tahun tersebut belum mendapatkan status formal. Baru pada akhir tahun 2015, berdasarkan amanat PP nomor 55 tahun 2007 tentang Pendididkan Agama dan Keagaaan, UU nomor 12 tahun 2012 tentang Pendidikan Tinggi, PMA nomor 13 tahun 2014 tentang Pendidikan Keagamaan Islam, dan PMA nomor 71 tahun 2015 tentang Ma’had Aly, terdapat 13 Ma’had Aly se-Indonesia yang diberi SK Izin Operasional. Dengan demikian, ketiga belas Ma’had Aly tersebut telah memiliki status formal sebagai Pergurun Tinggi Keagamaan Islam yang sejajar dengan Perguruan Tinggi yang lain di Indonesia, baik Perguruan Tinggu Umum seperti UGM, UI, ITB dan yang lain, maupun Perguruan Tinggi Umum Bercorak Agama seperti UIN dan IAIN.
Dalam rangka memfasilitasi hubungan kerjasama dan menyamakan pandangan antar Ma’had Aly, maka dalam rapat yang dihadiri oleh semua pimpinan Ma’had Aly pada tanggal 27 Sya’ban 1437 bertepatan dengan tanggal 3 Juni 2016, disepakati perlunya wadah yang berbentuk Perkumpulan dengan nama Asosiasi Ma’had Aly se-Indonesia yang disingkat AMALI. Pada tanggal itu pula disusun SK Kepengurusan Perkumpulan dimaksud yang ditanda tangani oleh para pimpinan Ma’had Aly tersebut. Kemudian untuk lebih memberi arah dan haluan Perkumpulan tersebut perlu disusun Anggaran Dasar dan Anggaran Rumah Tangga (AD/ART) ini.
